Le Conseil fédéral est chargé de fixer les orientations politiques et stratégiques du parti, dans le cadre fixé par le Congrès. Il examine les motions qui lui sont soumises, vote le budget et peut mettre en place des groupes de travail. Il se réunit au moins 5 fois par an. Il est d’une certaine manière le « gouvernement du parti » au niveau national.

Le Conseil fédéral rassemble 240 membres (120 titulaires et 120 suppléant·es) élu·es pour 3 ans. 80% des membres du Conseil fédéral sont désigné·es au scrutin proportionnel au plus fort reste par les adhérent·es lors du Congrès décentralisé. Chaque région détient un nombre de conseillères fédérales et conseillers fédéraux en fonction de son nombre d’adhérent·es. Les 20% des membres restants sont élu·es au niveau national lors du Congrès fédéral (2e phase du Congrès) par les délégué·es des régions. Ces listes candidates sont composées de doublettes (un·e titulaire/un·e suppléant·e) de même genre.

Sont également membres du Conseil fédéral, sans droit de vote : les responsables des commissions thématiques, les secrétaires régionales/régionaux, les représentant·es d’EÉLV au Parti vert européen, les représentant·es du parlement français et du parlement européen, les co-secrétaires fédérales/fédéraux des Jeunes Écologistes.

Le Conseil fédéral est doté d’un Bureau du conseil fédéral (BCF). Il est dirigé par la/le président·e du Conseil fédéral, élu·e au scrutin majoritaire à deux tours. Le Bureau du conseil fédéral est complété par membres du Conseil fédéral, élu·es par lui-même au scrutin proportionnel.